Opodatkowanie VAT transakcji zbycia zorganizowanej części przedsiębiorstwa od lat należy do obszarów, w których praktyka interpretacyjna wydaje się względnie ustabilizowana. Organy podatkowe i sądy administracyjne konsekwentnie potwierdzają, że prawidłowo wyodrębniona zorganizowana część przedsiębiorstwa (ZCP) nie podlega opodatkowaniu VAT na podstawie art. 6 pkt 1 ustawy o VAT. Jednocześnie jednak ustawowa definicja ZCP ma charakter nieostry i pozostawia szerokie pole do interpretacji. W efekcie podatnicy planujący istotne transakcje reorganizacyjne i M&A wciąż bardzo często decydują się na zabezpieczenie swoich działań poprzez uzyskanie interpretacji indywidualnej.
Dobrym przykładem takiego podejścia jest interpretacja Dyrektora KIS z 30 grudnia 2025 r. (0113-KDIPT1-2.4012.930.2025.2.MC), dotycząca sprzedaży wyodrębnionego zakładu produkcyjnego. Sprawa pokazuje, że nawet przy utrwalonej linii interpretacyjnej kluczowe znaczenie mają szczegóły organizacyjne i operacyjne konkretnej transakcji.
Skrócony obraz stanu faktycznego
Transakcja dotyczyła sprzedaży wyodrębnionego zakładu produkcyjnego funkcjonującego w ramach większego przedsiębiorstwa. Nabywca przejął kompletny zespół składników materialnych i niematerialnych, w tym środki trwałe, dokumentację, know-how, zobowiązania oraz pracowników w trybie przejścia zakładu pracy. Zakład był zdolny do kontynuowania działalności produkcyjnej bez konieczności istotnego uzupełniania majątku.
Strony przewidziały okres przejściowy, w którym nabywca świadczył na rzecz zbywcy usługi produkcyjne przy wykorzystaniu nabytego zakładu, a zbywca zapewniał wsparcie systemowe i organizacyjne. Część decyzji administracyjnych miała zostać formalnie przeniesiona lub odnowiona po transakcji.
Co również istotne, zakład nie posiadał formalnie odrębnego rachunku wyników, jednak system księgowy umożliwiał przypisanie przychodów i kosztów dla potrzeb weryfikacji wyniku finansowego generowanego na prowadzonej w nim produkcji.
To właśnie te elementy mogły rodzić wątpliwości co do spełnienia przesłanek ZCP, w związku z czym strony transakcji zdecydowały się na uzyskanie interpretacji zabezpieczającej ich pozycję VAT w odniesieniu do planowanej transakcji. Intencją było potwierdzenie, że w związku z możliwością zakwalifikowania transakcji jako dotyczącej ZCP, nie pojawią się po stronie sprzedawcy i nabywcy obowiązki i uprawnienia na gruncie podatku od towarów i usług.
Formalne przesłanki ZCP – gdzie pojawiają się ryzyka
Definicja ustawowa ZCP wymaga możliwości identyfikacji jego organizacyjnego, finansowego i funkcjonalnego wyodrębnienia. To z kolei ma pozwolić na kontynuację działalności prowadzonej przed realizacją transakcji.
W analizowanym przypadku:
- brak formalnego wyodrębnienia oddziału mógł podważać wyodrębnienie organizacyjne,
- brak osobnego P&L mógł rodzić wątpliwości w zakresie odrębności w obszarze finansowym,
- okres przejściowy planowany przez strony transakcji mógł sugerować brak pełnej samodzielności operacyjnej dla wyodrębnianych składników majątkowych.
Strony transakcji stanęły jednak na stanowisku, iż decydujące znaczenie dla klasyfikacji nabywanego zakładu ma ekonomiczna zdolność do prowadzenia przez niego ściśle zdefiniowanej działalności. Argumenty za takim stanowiskiem wynikały z faktu, iż zakład funkcjonował jako realnie samodzielna jednostka produkcyjna, a zaplanowany przez strony okres przejściowy miał charakter techniczny, nie strukturalny. Organ zaakceptował wnioski stron, iż w omawianej sprawie uzasadniona jest klasyfikacja przedmiotu transakcji jako ZCP, a w związku z tym nie wywoła ona skutków na gruncie VAT. Kluczowa jednak pozostaje zaproponowana metoda wykładni oparta w dużej mierze o wskazówki dostępne w orzecznictwie NSA.
Orzecznictwo NSA jako kierunkowskaz dla transakcji nabycia przedsiębiorstwa
Zarówno wnioskodawcy jak i organ interpretacyjny oparli swoją argumentację na stabilnej linii orzeczniczej NSA, potwierdzając, że sytuacja opisana we wniosku mieści się w utrwalonych standardach interpretacyjnych – tj.:
- Powołano się na wyrok z 14 marca 2023 r. (I FSK 2093/18), w którym NSA wskazał, że kluczowe znaczenie ma wyodrębnienie funkcjonalne, a formalne struktury organizacyjne mają charakter wtórny. Sąd podkreślił, że nawet brak formalnego oddziału nie wyklucza istnienia ZCP, jeżeli jednostka posiada realną zdolność do samodzielnego działania. W omawianej sprawie dokładnie ten element był potencjalnym ryzykiem — zakład nie był wpisany jako oddział do KRS. Podatnik wykorzystał to orzeczenie, aby wykazać, że faktyczne wyodrębnienie operacyjne, personel, infrastruktura i zadania produkcyjne wystarczają do spełnienia przesłanki organizacyjnej. Organ zaakceptował tę argumentację.
- Z kolei w wyroku NSA z 13 września 2023 r. (I FSK 710/19), który dotyczył wyodrębnienia finansowego, sąd wskazał, że nie jest wymagane prowadzenie odrębnych ksiąg ani osobnego rachunku wyników. Wystarczy możliwość przypisania przychodów i kosztów w ramach systemu księgowego. To rozstrzygnięcie było kluczowe w analizowanej sprawie, ponieważ zakład nie posiadał formalnego P&L. Podatnik wykazał jednak, że system księgowy umożliwia pełną identyfikację danych finansowych. Organ uznał, że taka forma wyodrębnienia jest wystarczająca.
- Ostatecznie w przywołamy wyroku z 3 lipca 2024 r. (I FSK 1449/20) NSA podkreślił, że przejściowe modele operacyjne nie wykluczają istnienia ZCP, o ile działalność może być kontynuowana bez zasadniczej zmiany charakteru jednostki. Ten fragment orzecznictwa bezpośrednio odpowiadał na wątpliwości związane z okresem przejściowym, w którym nabywca świadczył – z wykorzystaniem nabywanego majątku – usługi produkcyjne na rzecz zbywcy. W tym zakresie organ zgodził się, że model przejściowy nie pozbawia zakładu samodzielności gospodarczej.
Powyższe pokazuje, iż w odniesieniu do transakcji nabycia przykładowo części zakładów produkcyjnych, powołanie się na orzecznictwo NSA jest nie tylko zasadne, ale i skuteczne. Z kolei akceptacja organu dla zaproponowanego kierunku wykładni wpływa na dalszą stabilizację praktyki dla omawianego i podobnych przypadków.
Odwołania do orzecznictwa TSUE
Argumentacja zastosowana w interpretacji była dodatkowo wzmocniona odwołaniami do orzeczeń Trybunału Sprawiedliwości UE, w tym:
- Do wyroku z 27 listopada 2003 r. (C-497/01 Zita-Modes), w którym TSUE wskazał, że wyłączenie z VAT obejmuje przekazanie przedsiębiorstwa zdolnego do prowadzenia niezależnej działalności gospodarczej. Trybunał zaakcentował w nim funkcjonalną kontynuację działalności jako kluczowy element klasyfikacji transakcji jako zbycia ZCP.
- Do wyroku z 10 listopada 2011 r. (C-444/10 Schriever), w którym TSUE potwierdził, iż nie wszystkie składniki majątku zbywcy muszą zostać przeniesione na nabywcę, jeśli przekazywany w ramach transakcji zespół składników majątku umożliwia kontynuowanie działalności.
W omawianej sprawie te tezy pozwalały uzasadnić, że brak przeniesienia na nabywcę części decyzji administracyjnych w momencie realizacji transakcji nie przekreśla istnienia ZCP jako jej przedmiotu, ponieważ działalność mogła być kontynuowana w sensie ekonomicznym, zwłaszcza iż nabywca zadeklarował uzupełnienie tych decyzji na własny rachunek w okresie przejściowym.
Stanowisko organu i wnioski dla przedsiębiorstw
Organ w pełni podzielił argumentację podatnika i potwierdził, że transakcja stanowi zbycie zorganizowanej części przedsiębiorstwa, a więc nie podlega VAT. Sprzedawca nie nalicza podatku, a więc i nabywca nie mógłby skorzystać z prawa do odliczenia, gdyby transakcja została udokumentowana fakturą.
Interpretacja wpisuje się w utrwaloną linię orzeczniczą, ale jednocześnie pokazuje, że każda sprawa wymaga ostrożnej analizy konkretnego modelu biznesowego, bowiem na ostatecznej kwalifikacji przedmiotu transakcji jako ZCP mogą zaważyć jej najmniejsze szczegóły.
W praktyce, pomimo dającej się zaobserwować kierunkowej jednolitości wykładni, decyzja co do wypełnienia przesłanek utworzenia ZCP pozostawia organom podatkowym margines na elastyczność. Każda transakcja reorganizacyjna ma własną specyfikę: modele przejściowe, rozwiązania księgowe, relacje kontraktowe, czy przenaszalne bądź nie – decyzje administracyjne. To właśnie takie szczegóły, analizowane wspólnie z uwzględnieniem szerokiego spojrzenia na planowaną transakcję, decydują o kwalifikacji podatkowej.
Z tego względu podatnicy planujący istotne transakcje M&A najczęściej występują o interpretacje indywidualne, przedstawiając szczegółowy opis charakterystycznych elementów transakcji. Interpretacja staje się w tym przypadku narzędziem zarządzania ryzykiem i zabezpieczeniem pozycji podatkowej stron na przyszłość. Warto zatem sięgnąć po własną, szczególnie jeśli transakcja odznacza się znaczącą wartością, a dynamika biznesowa pozostawia czas niezbędny na jej uzyskanie.
Autor publikacji:
Tomasz Wagner
Tax Director
Doradca podatkowy
Tomasz Wagner specjalizuje się w podatku VAT oraz obszarach pokrewnych, takich jak CBAM, SUP i system kaucyjny. Doradza największym polskim markom i międzynarodowym grupom kapitałowym, wspierając ich lokalne i transgraniczne projekty. Przygotowuje opinie podatkowe, strukturyzuje schematy biznesowe i łańcuchy dostaw, ustala stawki VAT, uzyskuje interpretacje i WIS, reprezentuje klientów w sprawach o zwrot podatku. Pomaga również w przygotowaniach do nowych regulacji, m.in. KSeF.
Najświeższe wpisy na naszym blogu:
Webinarium: Zamknięcie roku w grupie kapitałowej a korekty cen transferowych
Zamknięcie roku to moment kluczowych decyzji dotyczących rentowności rozliczeń wewnątrzgrupowych i...
Webinarium z firmą Avalio: KSeF w placówkach medycznych
Od 1 lutego 2026 r. Krajowy System e-Faktur (KSeF) obowiązuje największe podmioty medyczne,...
Zmiany w Ordynacji podatkowej – jednak nie jeden, a dwa projekty
Dnia 3 lutego 2026 r. Rada Ministrów przyjęła projekt ustawy o zmianie ustawy – Ordynacja...


