W dniu 9 czerwca 2022 r. Naczelny Sąd Administracyjny (dalej: „NSA”) wydał korzystny – dla przedsiębiorców działających w Polskiej Strefie Inwestycji – wyrok (sygn. II FSK 357/21; dalej: „Wyrok”), w którym NSA stwierdził, że o ile dany podmiot spełnia wszystkie wymagania określone w decyzji o wsparciu i wymogi wynikające z przepisów ustawy o wspieraniu nowych inwestycji, to jej cały dochód z działalności będzie zwolniony z podatku dochodowego od osób prawnych (dalej: „PDOP”). Wyrok sprzeciwia się poglądowi organów podatkowych, zgodnie z którym znaczenie ma podejście tzw. „projektowe”. Według niego zwolnieniu powinien podlegać dochód jedynie z tej „nowej inwestycji” w oderwaniu od pozostałego dochodu przedsiębiorcy.
Zmiana interpretacji indywidualnej dokonana przez Szefa KAS została zaskarżona do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie (dalej: „WSA”). W wyroku z dnia 16 września 2020 r. (sygn. III SA/Wa 2131/19) WSA nie podzielił stanowiska Szefa KAS i przychylił się do argumentacji podatnika. W uzasadnieniu wskazał, że zwolnienie odnosi się jedynie do dochodów uzyskanych z określonego źródła, a istotą regulacji jest to, aby działalność gospodarcza była prowadzona w określonym miejscu (na działkach określonych w DoW) i w zakresie wynikającym z DoW (w odniesieniu do wskazanych kodów PKWiU).
WSA uznał, że w sytuacji gdy „nowa inwestycja” pozostaje w związku ze zwiększeniem (zmianą) zdolności produkcyjnej istniejącego przedsiębiorstwa, niemożliwe jest wyodrębnienie produkcji odbywającej się przy wykorzystaniu tej części przedsiębiorstwa, która powstała w wyniku rozwoju przeprowadzonego po uzyskaniu DoW, od części funkcjonującej już wcześniej. Wyodrębnienie dochodu mogłoby bowiem okazać się niewykonalne w odniesieniu do całości lub części dochodu generowanego przez tzw. „nową inwestycję”. W konsekwencji WSA podzielił pogląd podatnika i uznał, że zwolnieniu podatkowemu, o którym mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34a UPDOP, podlega cały dochód uzyskiwany z działalności prowadzonej na terenie określonym w DoW – w ramach limitu należnej podatnikowi pomocy publicznej.
Od ww. wyroku WSA wniesiona została skarga kasacyjna organu.
W opisanym Wyroku NSA nie poparł stanowiska zaprezentowanego przez Szefa KAS i oddalił skargę kasacyjną. Uznał, że Szef KAS bezpodstawnie sięga do przepisów ustawy z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (dalej: „UWNI”). Jak wskazał NSA przepisy te odnoszą się jedynie do warunków ubiegania się o pomoc – wprost odnosząc się do zwolnienia (art. 3 ust 1 UWNI), a nie dają dodatkowych przesłanek, które próbuje wyinterpretować Szef KAS.
NSA wskazał, że zwolnieniem może być objęty dochód z działalności określonej w DoW, zawierającej się w określonych kodach PKWiU. Sąd podkreślił, że – zgodnie z art. 17 ust. 4 UPDOP – ustawodawca wprowadził ograniczenie w postaci wymogu prowadzenia działalności na określonym terenie. Teren ten powinien być wskazany w DoW poprzez wyznaczenie konkretnych działek geodezyjnych, na których prowadzona ma być działalność korzystająca ze wsparcia. Co istotne, NSA stwierdził również, że gdyby ustawodawca rzeczywiście dążył do ograniczenia zakresu zwolnienia tylko do części dochodu uzyskanego z danej, nowej inwestycji, takie zastrzeżenie znalazłoby się w treści art. 17 ust. 1 pkt 34a UPDOP. Wywodzenie z przepisów UWNI dodatkowych warunków dla stosowania zwolnienia nie byłoby zatem zgodne wolą ustawodawcy, który ustanowił treść obowiązujących przepisów prawa w sposób przez siebie oczekiwany.
NSA uznał zatem, że w sytuacji gdy podatnik spełni wszystkie wymogi określone w DoW oraz wynikające z przepisów UWNI, to jego cały dochód z działalności wskazanej zakresowo w DoW i prowadzonej na terenie wskazanym w tej decyzji powinien korzystać ze zwolnienia z PDOP na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a UPDOP. Opisany Wyrok może mieć istotny wpływ na sposób rozliczania zwolnienia z PDOP na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34a UPDOP, gdyż do tej pory organy podatkowe kwestionowały, w przypadku zwiększenia zdolności produkcyjnej, możliwość rozliczenia ulgi co do całości dochodu. Określając bardzo wąskie kryteria wskazane w interpretacji ogólnej z dnia 25 października 2019 r. nr DD5.8201.10.2019 wydanej przez Ministra Finansów, Inwestycji i Rozwoju, „jeżeli realizacja nowej inwestycji następuje w sposób angażujący aktywa posiadane już przez podatnika oraz gdy nowa inwestycja stanowi nieodłączny i zależnie funkcjonalny element w odniesieniu do już istniejącego zespołu składników majątku (ścisłe powiązania), dochód podlegający zwolnieniu z opodatkowania ustala się z uwzględnieniem tego istniejącego, przed wydaniem decyzji o wsparciu, majątku. Sytuacja taka jest możliwa jedynie wówczas, gdy sposób zintegrowania nowej i istniejącej inwestycji, położonych na tym samym terenie, nie pozwala na określenie dochodu (przychodu) wyłącznie z nowej inwestycji, bez uwzględnienia zintegrowanej z nią części istniejącej inwestycji. W tym zakresie dochód nie podlega wydzieleniu ze względu na ścisłe ekonomiczne i funkcjonalne powiązania między inwestycją istniejącą i nową, gdyż takie wydzielenie musiałoby opierać się na metodach, których ustawa o CIT i ustawa o PIT nie przewidują dla celów ustalenia dochodu”. Miejmy nadzieje, że po wyroku NSA podejście to ulegnie zmianie. I ukształtuje się pozytywne podejście zarówno sądów administracyjnych jak i organów podatkowych.